Met name handelaren houden al eeuwen lang een boekhouding bij om hiermee een overzicht van hun uitgaven en ontvangsten te hebben. Met dit overzicht werd het handelaren vergemakkelijkt om een inzicht in de winsten en verliezen te hebben. Tot aan de Middeleeuwen hield men de boekhouding bij op basis van ‘enkel boekhouden’. Bij enkel boekhouden wordt geen gebruik gemaakt van een grootboek, waardoor de balans alleen opgemaakt werd door inventarisatie. Voor het boekhouden werden vele verschillende methodes gebruikt. In Babylonie werd de boekhouding met kleitabletten bijgehouden en het in het Oude Egypte werden papyrusrollen gebruikt.
Het dubbel boekhouden ontstond in de Renaissance in Italie, waarschijnlijk naar aanleiding van de kennis die Marco Polo met zijn reizen naar het Verre Oosten mee naar Europa meenam. De Franciscaner monik Luca PacioliĀ  publiceerdeboekhoud geschiedenis in 1494 als eerste een beschrijving van het dubbel boekhouden. Doordat elke post op twee rekeningen wordt geboekt kon men eventuele fouten makkelijk achterhalen.
Het dubbel boekhouden is lang omstreden geweest omdat dit voor de meeste bedrijven een manier was om het bedrijfsresultaat achteraf vast te kunnen stellen. De boekhouding werd dan in het einde van het jaar vasgtgesteld.
Tegenwoordig is de boekhouding een wettelijke verplichting voor elke ondernemer. Men kan de boekhouding bijhouden hoe dat gebruikelijk in de branche van de ondernemer gebruikelijk is. Er wordt echter wel altijd een systeem gebruikt dat op dubbel boekhouden is gebaseerd.
Tegenwoordig wordt de boekhouding veelal gevoerd met boekhoud softwarepakketten op de computer. Momenteel zijn de zogenaamde ASP-toepassingen in opkomst, hierbij maakt de boekhouder gebruik van speciale internetapplicaties.